1、应用程序（比如PHP）长时间的执行批量的MYSQL语句。
最常见的就是采集或者新旧数据转化。
解决方案：

在my.ini文件中添加或者修改以下两个变量：
wait_timeout=2880000
interactive_timeout = 2880000

关于两个变量的具体说明可以google或者看官方手册。
如果不能修改my.cnf，则可以在连接数据库的时候设置CLIENT_INTERACTIVE，比如：
sql = "set interactive_timeout=24*3600";
mysql_real_query(...)

2、执行一个SQL，但SQL语句过大或者语句中含有BLOB或者longblob字段。
比如，图片数据的处理
解决方案

在my.cnf文件中添加或者修改以下变量：
max_allowed_packet = 10M (也可以设置自己需要的大小)

max_allowed_packet 参数的作用是，用来控制其通信缓冲区的最大长度。